Das älteste Relikt aus der Vorzeit ist das Ganggrab Idstedter Räuberhöhle. Die erste urkundliche Erwähnung des Ortes stammt von 1196. Idstedt zählt ohne Zweifel zu den ältesten Orten im alten Herzogtum Schleswig. In frühgeschichtlicher Zeit muss der Ort große Bedeutung gehabt haben, denn nach ihm war der Idstedtsyssel benannt. Die Einteilung in Syssel ist die älteste bekannte Form der Distrikteinteilung in Jütland und im damit verbundenen späteren Herzogtum Schleswig.

Im Mittelalter hatte Idstedt eine gemeinsame Kirche mit Stolk, die aber vor der Reformation wieder einging. Seither gehörte Idstedt zum Landkirchspiel von St. Michaelis in Schleswig.

In der neueren Geschichte ist der Ort vor allem durch die Schlacht bei Idstedt am 24. und 25. Juli 1850 bekannt geworden.