Der Wellenschnitt im Wappen steht für die Zweiteilung der Jannebyer Feldmark in einen nordwestlichen Geestrückenanteil und einen südöstlichen Niederungsanteil. Der Eichenzweig symbolisiert die vielen Eichenkrattgebiete im Geestrückenbereich; die beiden Eicheln stellen die Ortsteile Janneby und Jannebyfeld dar. Die Sumpfdotterblüte steht für das Jannebyer Moor, welches in früheren Zeiten wichtiger Torflieferant für die heimische Bevölkerung war. Der rot-silberne "Schlagbaum" im Schildhaupt ist dem Ortsteil Süderzollhaus gewidmet. Dort wurde 1596 eine Zollstelle zur Eintreibung von Wegegebühren für die Benutzung der Straße von Flensburg nach Husum eingerichtet.