Der Ort wurde im 15. Jahrhundert erstmals erwähnt. Wahrscheinlich entstand das neue Dorf (so der Name) seinerzeit als Nachfolger des bei der großen Pest entvölkerten Dorfes Solby. Im 15. Jahrhundert wurde das Gebiet Teil des Gutes Düttebüll, kleinere Besitzungen gehörten zeitweise zu den Gütern Rundhof und Gelting.

Seit 1867/71 ist Nieby eine eigenständige Landgemeinde, die 1928 um den allerdings kleinen hier gelegenen Teil des Gutsbezirks Gelting vergrößert wurde. Wie Pommerby, aber im Gegensatz zu den meisten Nachbargemeinden wurde Nieby seither nicht in eine größere Einheit einverleibt.